Las citadas ayudas no se incluyen en la base imponible de las operaciones en régimen general del IVA ni deben formar parte de la base de cálculo de la compensación del régimen especial de la agricultura, ganadería y pesca.
El régimen de ayudas previsto en el Reglamento (CE) nº 1782/2003 y, actualmente en el Reglamento (CE) nº 73/2009, supusieron un cambio substancial en la configuración de la naturaleza de las ayudas. Como señalan los Considerandos transcritos de la normativa comunitaria citada, se sustituye un sistema de ayudas al precio por un sistema de ayudas a la renta del agricultor.
En esta nueva forma de configurar las ayudas comunitarias resulta bastante claro que las ayudas en forma de renta no pueden calificarse como subvenciones vinculadas al precio de las operaciones, tal como estas ayudas se entienden a la luz de la jurisprudencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea (sentencias de 22 de noviembre de 2001 y de 15 de julio de 2004), pues la ayuda no se concede para que el operador subvencionado realice una entrega de bienes o una prestación de servicio, de hecho cabe que la ayuda se conceda a un agricultor que ha abandonado la producción.
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